SawFowl пока есть один вариант, не самый плохой.
Если я понимаю, вопрос именно в передаче команд серверу удалённо. Проблема тут только в том, что большинство донат-систем используют для этого RCON.
Есть вариант получше. Попробовать написать плагин на поддержку коннекта по rcon. Java это позволяет, а передать полученную команду серверу труда не составит.