Prototype я запускаю сервер напрямую из idea, там автоматом запускается с нужными параметрами при дебаге. Примерно так же, но вместо remote нужно выбрать jar application и обязательно указать working directory, иначе всё запустится в директории с проектом и там будут ненужные файлы от minecraft сервера.
Also, есть такая штука для gradle, как spongestart2, позволяет скачать/запустить север из ide. Как-нибудь напишу туториал.(это если лень настраивать вывод jar плагина в директорию с плагинами сервера)
