Отдели плагины от модов, размещай по разным папкам(у меня например моды в папке mods, а плагины в plugins). Тебе же самому удобно будет. Учитывай так же, что некоторые моды конфликтуют с губкой(яркий пример foamfix анархия может провоцировать краш сервера, Thermal Dinamics - не выгружаются чанки с трубами). В общем скинь список модов и плагинов.