Если нужно какой-то определённый слот получить, то это вот так:
Inventory query = player.getInventory()
.query(QueryOperationTypes.INVENTORY_PROPERTY.of(SlotIndex.of(0)));
Это вернёт все слоты с индексом 0 в каждой строке и колонке. Первый элемент будет тем, что тебе нужно, если по-баккитовски думать. Т.е. просто query.set(...)
и всё.
Можно for
'ом пройтись и заполнить все нулевые слоты в каждой строке/колонке. Попробуй пошаманить, может почувствуешь, как работает.